Театр им. Кирова эвакуировали в Молотов (Пермь), поэтому «Гаянэ» давали на сцене Пермского театра. Балет был задуман как патриотический спектакль, утверждающий тему любви и верности Родине. Армянская колхозница Гаянэ вынуждена бороться с попавшим в ее дом шпионом, пытавшимся выкрасть материалы геологоразведочной партии. На помощь ей приходят колхозники, геологи и пограничники. Победив врага, колхоз празднует многонациональный праздник, а Гаянэ отдает свое сердце пастуху Армену, который едет учиться на геолога. В современной версии балета сюжетная канва изменилась, и Гаянэ похищает неудачливый в любви Гико.

Настоящим шлягером на многие десятилетия стал знаменитый "Танец с саблями" из IV действия. Хачатурян писал: «По просьбе театра, уже после окончания партитуры, я дописал «Танец курдов» — тот самый, который стал позднее называться «Танцем с саблями». Танец, как и сам балет, подчеркивали сплочение и единство советских народов перед лицом врага. Первыми исполнителями в Молотове были Наталья Дудинская (Гаянэ), Константин Сергеев (Армен), Борис Шавров (Гико).